U biljnogeografskom pogledu Marjan pripada mediteranskoj regiji litoralnog vegetacijskog pojasa te eumediteranskoj zoni vazdazelenih šuma u kojima temeljnu šumsku vegetaciju čine šume hrasta crnike Quercus ilex L., a u okviru njih dolazi zajednica mješovitih šuma i makije hrasta crnike i crnog jasena Fraxino orni-Quercetum ilicis H-ic. (1956.) 1958. Šume crnike na Marjanu pretežito se nalaze u svom degradacijskom stadiju makije, gariga i kamenjara.
Velika raznolikost Marjana se očituje i kroz određene endemične, strogo zaštićene biljke, uz iznimku malih poljoprivrednih površina na južnoj strani gdje se uzgajalo povrće, vinova loza, maslina i druge voćke.
Flora Marjana je vrlo bogata što se pripisuje povoljnoj mediteranskoj klimi i raznolikim tipovima staništima – od kamenjarskih suhih travnjaka, gariga, makije, šume, pukotine stijena, kamenite morske obale, ruderalnih i poljoprivrednih staništa. Floru Marjana je istraživalo više botaničara: Petter (1832), Hirc (1910), Girometta (1922), Matković (1959), Ruščić (2002 2015).
Utjecaj čovjeka kroz povijest se odražavao na izgled i degradaciju flore Marjana. Nekontrolirana sječa stabala i veliki požar u potpunosti su pretvorili Marjan u goli krš.
Uslijedilo je pošumljavanje alepskim borom Pinus halepensis, koji je gotovo monokultura na sjevernoj strani Marjana. Utvrđeno je obnavljanje autohtone makije između visokih stabala bora.
Utjecaj čovjeka se odražavao na autohtonu floru Marjana u smislu naseljavanja alohtonih invazivnih vrsta od kojih je najzastupljeniji pajasen Ailanthus altissima (Mill.).
