Na području Park-šume Marjan postojao je čitav niz crkava koje nisu bile velika arhitektonska djela, ali su bile svjedoci prošlosti Marjana, a uz njihove lokacije bila su vezana poznata marjanska hodočašća. Te tipične ranokršćanske jednobrodne crkve, od kojih je većina tijekom vremena porušena, u pravilu su se nalazile na sjecištima puteva i služile kao orijentiri. Neke od njih su obnovljene, dok su nam druge poznate samo iz povijesnih izvora. Većina ih se nalazila ili se nalazi na južnoj strani Marjana. U dijelu crkava nalaze se vrijedni spomenici, a pojedini su nestali ili se nalaze u nekim drugim ustanovama.
Crkva sv. Ivana Evanđelista jedina je (istražena) ranokršćanska crkva na Marjanu. Don Luka Jelić je 1890. poduzeo prva arheološka istraživanja, od kojih nam je ostao sačuvan tlocrtni crtež. Radilo se o jednobrodnoj bazilici koja se nalazila istočno od Bambine glavice, uz nekadašnji Veli potok. Nadvratnik s natpisom (dva ulomka) i nadvratnik s križevima čuvaju se u Arheološkom muzeju u Splitu.
Na vrhu Bambine glavice vjerojatno se nalazila i crkva sv. Mihovila. Ulomak pluteja iz te crkve čuva se također u Arheološkom muzeju u Splitu, a može se datirati u razdoblju od 9. do 11. stoljeća.
CRKVA SV. BENEDIKTA
Ova crkva nalazila se u uvali Bene, a po njoj je ista i dobila ime. U povijesnim izvorima spominje se već 1362. godine, a njeni zatrpani i zaboravljeni ostatci otkriveni su prilikom arheoloških istraživanja 2002. godine. Tada je otkriven i dio oltarnog stupa ili stipesa, a na temelju ostataka, crkva je datirana u kraj 11. ili početak 12. stoljeća.
CRKVA SV. NIKOLE
Ovu ranoromaničku crkvu dali su sagraditi Splićanin Rako i njegiva žena Elizabeta 1219. godine, a pored nje je postojala još i pustinjačka nastamba, koja je srušena 1922. godine, u vrijeme kad su se na Marjanu gradile ceste i vidikovci. Posljednji put obnovljena je 1990. godine, kada je u nju smještena spomen-ploča koja se prethodno nalazila na vanjskom zidu, a nova ploča s ispravljenim podatcima postavljena je pokraj crkvice. Na pročelju crkve isitče se gotičko-renesansni kip Krista koji s prikazom pšenice i grožđa simbolizira euharistiju.
CRKVA GOSPE OD BETLEMA
Ovo je jedna od rijetkih crkava u Hrvatskoj posvećenih Kristovu rođenju, a izgrađena je vjerojatno prije 1500. godine, doba kad je ojačao život pustinjaka na Marjanu. U sredini kamenog oltara ove crkve nalazi se prikaz Kristova rođenja, kojem je s lijeve strane sv. Jere, a s desne sv. Ivan Krstitelj. Iznad njih, u luneti, nalazi se prikaz Kristova raspeća.
Prilikom jedne od obnova crkve, one 1927. – 1928., izgrađeno je monumentalno stubište. Još jedna posebnost ove crkve je u tome što se u njoj na Badnji dan održava rana ponoćka u 16 sati.
CRKVA SV. JERE
Iako nije poznato kad je ova crkva sagrađena, , sigurno je da je bila završena 1480. godine, kad je Andrija Aleši izradio i potpisao oltar, a ostaje otvoreno pitanje postojanja prijašnje građevine na tom mjestu. U sredini oltara ove crkve nalazi se prikaz sv. Jere u špilji, a lijeve strane je sv. Ivan Krstitelj, a s desne sv. Antun opat. Iznad vijenca u luneti nalazi se Oplakivanje. Na zidovima su se nalazile impresivne slike s prizorima pakla, koje su uklonjene 1932. godine, a zamijenjene su novim slikama istog sadržaja. Po nadgrobnim pločama u crkvi, od kojih je jedna pripadala pustinjaku Jerolimu Nadaliju iz 1616. godine, vidi se da je crkva služila i za pokapanje. Iznad dvorišnih vrata ove crkve uzidan je reljef sv. Ivana Evanđelista, prerađeni rimski spomenik koji je prethodno možda bio u crkvi sv. Ivana Evanđelista istočno od Bambine glavice.
ORATORIJ SV. CIRIJAKA
Tradicija ovaj lokalitet povezuje sa sv. Jerolimom, pustinjakom i crkvenim piscem, koji je štovan kao zaštitnik Dalmatinaca. U eremitaži su živjeli pustinjaci koje su stari Splićani smatrali svetim ljudima, a odatle i potječe naziv šantine tj. svete stijene.U unutrašnjosti pećine nema nikakvih natpisa osim godine 1896. u podu kraj prozora.
CRKVA SV. JURJA
Ova crkva izgrađena je početkom 9. stoljeća, usporedno s ruševinama Dijanina hrama, za koji se pretpostavlja da se tu nalazio, a čiji su pojedini dijelovi ugrađeni u ovu crkvu. Obnovljena je nakon istraživanja 1972. – 1973., a zadnji put 1996. godine, kada je posvećen novi oltar, tj. replika.
CRKVA GOSPE OD SEDAM ŽALOSTI
Spominje se već 1362. godine (Sancte marie de Merglano), kasnije kao S. Maria Pietatis. Smještena je na sjecištu puteva u zavjetrini Bambine glavice, a jedan od njih vodi do crkve sv. Jere. Crkva ima dijelove iz 15. stoljeća. Na oltaru se nalazi kameni reljef Oplakivanja, koji potječe iz razdoblja oko 1500. godine. Prikazuje Bogorodicu, koja u krilu drži Kristovo mrtvo tijelo, sa strana su anđeli s bakljama, a na pozadini je vidljiv prikaz Kalvarije. Pripisivan je Jurju Dalmatincu, a kasnije Andriji Alešiju. Nekad ju je omeđivao suhozid koji se urušio zbog korijenja borova i obilnih kiša, pa su borovi posječeni, dok je suhozid zamijenjen betonskim zidom. Posebnost ove male crkvice su poruke ispisane na njenim zidovima i zavjetni predmeti tamo ostavljeni. Danas se u crkvi slavi Uzvišenje Sv. Križa 14. rujna i Gospa Žalosna 15. rujna.
CRKVA SV. KRIŽA
Ivan Meštrović je s bratom Petrom 1939. godine otkupio zemljište kaštela Capogrosso-Kavanjin, s namjerom da ga prenamijeni. U zapadnom dijelu kompleksa izgradio je „glavnu dvoranu“ – današnju crkvu Sv. Križa. Dovršena je 1953. godine, a iduće godine u nju je smješteno 28 drvenih reljefa s motivima iz Isusova života i veliko raspelo. Sa zapadne strane crkve je veliki trijem na kojem je smještena skulptura Autor Apokalipse.
CRKVA GOSPE OD DOBROGA SAVJETA
Splitska obitelj Capogrosso oko 1513. je sagradila kaštel na južnoj strani Marjana, u sklopu kojeg je bila podignuta crkva Gospe od Dobroga Savjeta. 1940. godine počeo ju je obnavljati Ivan Meštrović te je u nju dao postaviti četiri stupa s kapitelima s dječjim glavama.
CRKVA SV. STJEPANA
Benediktinska crkva i samostan sv. Stjepana su bili urušeni, pa je na mjestu prvotne crkve rektor Nadbiskupskog sjemeništa Nikola Didoš 1814. dao sagraditi tj. obnoviti današnju crkvu. U nju je postavljeno šest antičkih stupova koji su vjerojatno preneseni iz Dioklecijanove palače. Oltar svete Ane dala je podignuti obitelj de Caris za crkvu sv. Marije de Taurello, a 1819. prenesen je u crkvu sv. Stjepana. Na njemu se nalazio poliptih s likom Bogorodice s Djetetom, svecima, prikazom Porođenja i Imago Pietatis. U sredini crkve nalazi se nadgrobna ploča splitskog kanonika Ivana Krstitelja Augubija s obiteljskim grbom iz 1490. godine.
BENEDIKTINSKA OPATIJA SV. STJEPANA
Radi se o jednoj od najvećih i najznačajnijih benediktinskih opatija na istočnoj jadranskoj obali. Prvi put se spominje u darovnici đakona Petra oko 1020. godine. Samostan su osnovali i sagradili građani grada Splita koji su sve do 1442. godine, kada se opatija gasi, imali pravo sudjelovati u izboru opata koji je, nakon biskupa i kneza, uživao najveći ugled u gradu.
Najpoznatiji redovnik samostana bio je posljednji hrvatski kralj Stjepan II. Trpimirović. Arhitektonski kompleks samostana sastojao se od crkve, klaustra i zgrada za stanovanje. Od crkvenog namještaja valja izdvojiti zabat s prikazom Krista na prijestolju, reljef krilatog lava koji u prednjim šapama drži čovjeka, skulptura sv. Stjepana prvomučenika iz 1355. godine.