Prema podatcima florne baze podataka (Flora Croatica Database – FCD) (Nikolić, 2015) (Ruščić 2002 i 2015) na području Park-šume Marjan ukupno je zabilježeno oko 615 biljnih vrsta i podvrsta.

U okviru ukupne flore Marjana utvrđeno je 17 ugroženih vrsta definiranih prema Crvenoj knjizi vaskularne flore Republike Hrvatske (Nikolić i Topić, 2005) (Nikolić 2010.) od toga 4 vrste pripadaju ugroženim svojtama (EN): Blackstonia perfoliata (L.) Huds. ssp. serotina (Rchb.) Vollm. – trožilna žuška, Delphinium peregrinum– strani veliki kokotić, Hibiscus trionum L.- vršača sljezoljika i Periploca graeca L.- grčka luštrika, zatim 6 vrsta pripada kategoriji osjetljive svojte (VU): Desmazeria marina (L.) Druce-sredozemna ljuljolika, Ophrys sphegodes Mill. – kokica paučica, i Salsola kali L.- kalijska solnjača, Parapholis incurva (L.) C. E. Hubb. – svinuti tankorepaš, Trifolium resupinatum L.- perzijska djetelina, te 4 vrste u kategoriji gotovo ugroženih vrsta (NT): Chaerophyllum coloratum L.- obojena krabljica i Centaurea ragusina L. – dubrovačka zečina, Centaurea spinosociliata Seenus -trnovitotrepavičava zečina.

Goniolimon dalmaticum (C. Presl) Rchb. f. – dalmatinski vražemil, zatim nedovoljno poznate 2 svojte (DD): Arundo plinii Turra – plinijev trst, Linaria microsepala Kern. – bljedoljubičasti lanilist, te 1 kritično ugrožena vrsta (CR) je Consolida ajacis (L.) Schur – vrtni kokotić.

U flori Marjana utvrđene su 23 biljne svojte, koje pripadaju kategoriji strogo zaštićenih vrsta, prema Pravilniku o strogo zaštićenim vrstama (NN 144/13 i 73/16), to su:

• Aurinia leucadea (Guss.) K. Koch – jadranska gromotulja
• Aurinia sinuata (L.) Griseb izverugana gromotulja
• Blackstonia perfoliata (L.) Huds. serotina (Rchb.) Vollm. – trožilna žuška,
• Carduus micropterus (Borbás) Teyber ssp. micropterus – uspravni stričak
• Centaurea ragusina – dubrovačka zečina
• Centaurea spinosociliata Seenus – trnovitotrepavičava zečina
• Chaerophyllum coloratum – obojena krabljica
• Limonium cancellatum (Bernh. ex Bertol.) Kuntze – rešetkasta mrižica
• Vincetoxicum hirundinaria ssp. adriaticum (Beck) Markgr. – jadranska lastavina
• Tanacetum cinerariifolium (Trevir.) Sch.Bip. – buhač
• Cymodocea nodosa (Ucria) Asch. – morska resa
• Trifolium dalmaticum – dalmatinska djetelina
• Gladiolus illyricus D. J. Koch – ilirska gladiola
• Hibiscus trionum – vršača sljezolika
• Ophrys sphegodes – kokica paučica
• Goniolimon dalmaticum (C. Presl) Rchb. f. – dalmatinski vražemil
• Genista sylvestris ssp. dalmatica (Bartl.) H. Lindb. – dalmatinska žutilovka
• Limonium cancellatum (Bernh. ex Bertol.) Kuntze – rešetkasta mrižica
• Arundo plinii Turra – plinijev trst
• Delphinium peregrinum – strani veliki kokotić
• Parapholis incurva (L.) C. E. Hubb. – svinuti tankorepaš
• Onosma echioides (L.) L. ssp. dalmatica (Scheele) Peruzzi et N. G. Passal. -dalmatinski oštrolist
• Linaria microsepala Kern. – bljedoljubičasti lanilist
• Consolida ajacis (L.) Schur – vrtni kokotić

U flori Marjana zabilježeno je 14 endemičnih svojti:

• Aurinia leucadea (Guss.) K. Koch – jadranska gromotulja
• Aurinia sinuata (L.) Griseb. – izverugana gromotulja
• Trifolium dalmaticum – dalmatinska djetelina
• Chaerophyllum coloratum – obojena krabljica
• Carduus micropterus (Borbás) Teyber ssp. micropterus
• Centaurea ragusina – dubrovačka zečina
• Centaurea spinosociliata Seenus – trnovitotrepavičava zečina
• Limonium cancellatum (Bernh. ex Bertol.) Kuntze – rešetkasta mrižica
• Vincetoxicum hirundinaria ssp. adriaticum (Beck) Markgr. – jadranska lastavina
• Tanacetum cinerariifolium (Trevir.) Sch.Bip. – buhač
• Goniolimon dalmaticum (C. Presl) Rchb. f. – dalmatinski vražemil
• Onosma echioides (L.) L. ssp. dalmatica (Scheele) Peruzzi et N. G. Passal. -dalmatinski oštrolist
• Linaria microsepala Kern. – bljedoljubičasti lanilist
• Genista sylvestris ssp. dalmatica (Bartl.) H. Lindb. – dalmatinska žutilovka